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办公室
组织协调机关日常工作；负责局机关文电、会务、信息、督办、机要、保密、档案、信访、政务公开、应急管理和综合性文稿的起草工作；负责局机关及所属单位的后勤保障服务工作。
法规税政科
负责局机关依法规范性文件的合法性审核工作；承办重大地方税收案件的审理；组织实施税收法律法规和规章执行情况的监督检查；牵头配合审计部门对本系统的审计；承担有关行政复议、处罚听证及行政应诉等工作；负责地方各税及教育费附加的征收管理工作；处理执行税法和税收政策中的有关事项；负责国际税务管理工作；指导地方教育附加等有关基金、收费的代征管理工作。
征管和科技发展科
贯彻落实地方税收征管规范性文件，拟订相关管理办法；管理税务登记、纳税申报和税收发票；拟订纳税，服务体系建设规划、管理制度并组织实施；拟订地方税收管理信息化建设规划、管理制度并组织实施，承办税收管理信息化建设中业务需求整合和流程优化的综合管理工作。
税源管理科
负责辖区税收税源管理工作，组织实施税源分析和日常监控。落实省市局评估任务，实施评估分析、稽查移交及后续管理工作；负责税收预警工作，组织派发、落实省市局预警任务，组织后续管理工作；负责本级计算机设备的配置、维护和日常管理；负责税务信息网络及各类应用软件的运行、维护、安全管理；承担本级数据中心环境运行和管理工作；负责本级信息化技术的培训工作。
收入核算和财务科
负责编制本系统财务预决算；汇总分析辖区内地方税收计划、会计、统计等信息数据；组织实施各项财务管理和基本建设规章制度；管理本系统各项经费、装备和基本建设项目；负责地方税收票证、机关财务、本系统财务审计；监督管理国有资产。
人事科
负责本系统人事管理、教育培训等工作；按照干部管理权限，承办本系统干部的具体管理事务；负责本系统离退休人员的管理服务工作。
机关党委
负责本系统思想政治、文明创建和基层建设等工作；组织开展有关税收宣传工作；负责局机关及所属单位的党群工作。
监察室
负责本系统工作人员执法、执纪的监督检查；受理本系统工作人员的检举、控告及申诉；负责查办和督办本系统违法违纪案件，按照干部管理权限提出处理意见；负责本系统党风廉政建设和反腐败工作，组织协调有关部门落实党风廉政建设责任制。
纳税服务中心
负责落实税法和征管法等关于纳税服务工作的各项规定；负责办理辖区内纳税人税务登记、纳税申报、税款征收业务；负责发票的领购、保管、缴销、有奖发票兑奖及税务机关代开发票工作；负责受理纳税人和社会各界对本级税务部门及地税工作人员的举报、投诉等工作；承担地方税收政策法规、涉税事项的宣传咨询工作，为纳税人办理地方税务事项提供服务；负责本级综合治税工作。
稽查局
负责贯彻落实税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；实施辖区内地方税收专项稽查和专案稽查；负责税收举报案件的受理、查处及转办工作；办理涉税违法案件的移送，配合有关部门调查取证，负责组织、落实本系统电子稽查工作。
直属征收局
负责组织重点税源企业地方各税的征收管理；负责税务登记、纳税申报、税款征收、发票管理，纳税评估、税源调查和日常检查等工作；按照管理权限，办理相关涉税事项的审核、审批、上报等工作。负责对辖区内地方税纳税人的税法宣传、咨询等纳税服务工作。
中心税务所
曹县地税局设置10个税务所，分别为：曹城中心税务所、庄寨中心税务所、普连集中心税务所、青固集中心税务所、韩集中心税务所、魏湾中心税务所、侯集中心税务所、孙老家中心税务所、梁堤头中心税务所、邵庄中心税务所。主要职责是：负责辖区内地方各税种、规费的征收（代征）管理工作，处理执行税法和税收政策中的有关事项；负责辖区内税收税源管理工作，组织实施税源分析和日常监控；按照管理权限，办理相关涉税事项的审核、审批、上报等工作。
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