1996年，曹县辖12镇19乡。县政府驻曹城镇。1996年12月29日，撤销古营集乡、桃源集乡，设立古营集镇、桃源集镇。1999年12月22日，撤销邵庄乡，设立邵庄镇。

2000年6月21日，撤销安蔡楼乡，设立安蔡楼镇。2002年5月14日，撤销王集乡，设立王集镇，其行政区域和人民政府驻地不变。调整后，全县辖17个镇、8个乡。

2006年12月，撤销曹城镇，设立曹城、磐石、青菏3个街道；同时将倪集乡八里庙等3个行政村划归曹城街道管辖；将普连集镇张泗庄等43个行政村和倪集乡袁楼等3个行政村划归青菏街道管辖。

2010年，撤销青岗集乡、郑庄乡，设立青岗集镇、郑庄镇。2011年10月9日，撤销倪集乡，以其原行政区域设立倪集镇，镇政府驻倪集村。

2013年12月，撤销常乐集乡，以其原行政区域设立常乐集镇，镇政府驻原乡政府驻地；撤销郑庄镇，以其原行政区域设立郑庄街道办事处，办事处机关驻原镇政府驻地；撤销倪集镇，以其原行政区域设立倪集街道办事处，办事处机关驻原镇政府驻地。将青菏街道办事处钟口、赵菜园、前尹楼、后尹楼、李楼寨、寇集、徐集、晏庄、张堂、任庄10个行政村划归普连集镇管辖；将磐石街道办事处的卢寨、张岗、前武新庄3个行政村划归青菏街道办事处管辖；磐石街道办事处的孙楼村划归孙老家镇管辖。

2015年2月4日，撤销曹县大集乡，以其原行政区域设立大集镇，镇政府驻原大集乡政府驻地；撤销曹县仵楼乡，以其原行政区域设立仵楼镇，镇政府驻原仵楼乡政府驻地。